Pues yo mismo soy "Webhoster" y conozco los dos bastante bien.
En realidad no veo a uno de los dos con ventajas de seguridad. Los dos estan muy bien programados, y es importante mantenerlos al dia e instalar las actualizaciones regularmente.
Hay algunos factores en las caracteristicas del Webhosting que tienen gran influencia en la seguridad de los dos systemas. (Por ejemplo register_globals y safe_mode).
Por eso mi pregunta se refiere a la popularidad y no a la seguridad.